nomenclature des bactéries

NOMENCLATURE

Le but de la nomenclature est d'attribuer un nom à un taxon de telle manière qu'il n'existe aucun risque de confusion.
Les changements de nomenclature, concernant parfois des noms utilisés depuis des décennies, sont une source d'exaspération constante pour les bactériologistes. Toutefois, la nomenclature se contente de refléter les progrès taxonomiques qui permettent une caractérisation de plus en plus fine des taxons. Comme le souligne M. Véron, "Ce n'est pas le bactériologiste qui complique à plaisir la nomenclature des bactéries ; c'est au contraire le chercheur qui, avec beaucoup d'humilité, observe la diversité considérable du monde bactérien".
En bactériologie médicale, il est nécessaire que les bactériologistes, les cliniciens, les épidémiologistes, ... utilisent une nomenclature commune afin de pouvoir collaborer efficacement.

I - Le Code de Nomenclature

Il existe des règles gouvernant la nomenclature bactérienne. Ces règles sont rassemblées dans le "Code International de Nomenclature des Bactéries" établi par le "Comité International de Systématique des Procaryotes" et notamment par sa "Commission Judiciaire".

Le Code de Nomenclature se limite à la réglementation des classes, sous-classes, ordres, sous-ordres, familles, sous-familles, tribus, sous-tribus, genres, sous-genres, espèces et sous-espèces.
Dans la pratique, cette limitation a des conséquences importantes car elle signifie que les noms des taxons d'un rang hiérarchique supérieur à la classe et surtout que les noms des taxons d'un rang hiérarchique inférieur à la sous-espèce (sérovars, biovars, écovars, pathovars...) ne sont pas pris en compte et peuvent donc être désignés d'une manière différente par divers auteurs. En bactériologie médicale, la question se pose pour la désignation des sérovars qui portent un nom ce qui est le cas des sérovars des leptospires et des sérovars des salmonelles de la sous-espèce Salmonella enterica subsp. enterica.

II - Ecriture des nomenclatures bactériennes

Toutes les nomenclatures sont des mots latins ou latinisés et de tels mots sont traditionnellement écrits en italiques ou ils sont soulignés dans un manuscrit.

. Les noms des classes et des sous-classes prennent une majuscule.
Exemples : la classe des Actinobacteria, la sous-classe des Actinobacteridae.

. Les noms des taxons d'un rang hiérarchique supérieur au genre et incluant les ordres sont au féminin pluriel, ils prennent une majuscule et ce sont des substantifs ou des adjectifs traités comme des substantifs. Ces noms sont formés en rajoutant un suffixe à la racine du nom du genre type : -ales pour l'ordre, -ineae pour le sous-ordre, -aceae pour la famille, -oideae pour la sous-famille, -eae pour la tribu et -inae pour la sous-tribu.
Exemples : l'ordre des Pseudomonadales, le sous-ordre des Pseudomonadineae, la famille des Pseudomonadaceae, la tribu des Pseudomonadeae.

. Les noms des genres et des sous-genres sont au singulier, ils prennent une majuscule, ce sont des substantifs ou des adjectifs traités comme des substantifs et ce sont des noms latins ou latinisés.
Exemples : les genres Escherichia, Staphylococcus, Corynebacterium.
Lorsqu'il est suivi d'un nom d'espèce, le nom d'un sous-genre est placé entre parenthèses et il est précédé de l'abréviation "subgen."
Exemple : Moraxella (subgen. Branhamella) catarrhalis.

L'utilisation d'abréviations pour les noms de genres n'est pas réglementée par le Code de Nomenclature. Toutefois, celui-ci donne quelques conseils destinés aux auteurs et aux éditeurs de publications scientifiques.
Le nom d'un genre ne devrait pas être abrégé lors de la première apparition du nom d'une espèce dans le texte ou dans le résumé d'une publication. Par la suite, il peut être abrégé, généralement sous la forme de sa première lettre. Par exemple, lors de la première apparition dans le texte on devrait écrire Bacillus anthracis puis il est possible d'écrire B. anthracis.
Dans une énumération d'espèces appartenant à un même genre, le nom de genre devrait être écrit en toutes lettres lors de sa première apparition dans le texte puis il peut être abrégé. Par exemple, on peut écrire : Bacillus anthracis, B. cereus, B. thuringiensis même si les noms des deux dernières espèces n'ont pas été préalablement cités.
Lorsqu'un texte cite des espèces appartenant à des genres différents mais commençant par la même lettre, les noms de genre ne devraient jamais être abrégés. Par exemple, dans une publication traitant des Bacillus sp. et des Brevibacillus sp. l'abréviation est déconseillée et on devrait toujours écrire Bacillus cereus, Brevibacillus agri...

. Les noms des espèces sont formés d'une combinaison binaire dont le premier terme est le nom de genre et le deuxième terme est une épithète (épithète spécifique). Le premier terme prend une majuscule et le deuxième terme commence par une minuscule.
Exemples : Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Leptospira interrogans.

. Les noms des sous-espèces sont formés d'une combinaison ternaire dont le premier terme est le nom de genre, le deuxième est l'épithète spécifique et le troisième une épithète propre à la sous-espèce (épithète sous-spécifique). Les épithètes prennent une minuscule et elles sont séparées par l'abréviation "subsp."
Exemples : Staphylococcus aureus subsp. anaerobius, Pasteurella multocida subsp. multocida, Aeromonas hydrophila subsp. dhakensis.